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lncRNA測序(lncRNA-seq)

項目介紹
參數
常見問題
應用案例

 

lncRNA測序

 

長鏈非編碼RNAlong noncoding RNA, lncRNA,

是一類長度超過200 nt的長鏈非編碼RNA

在表觀遺傳、轉錄及轉錄后等水平調控基因表達;

對有參考基因組樣本開展準確的lncRNA測序,

廣泛應用于生命科學、基礎醫學、農學研究領域。

 

用心服務每一個項目

多年轉錄組學項目經驗及多組學關聯分析經驗

已完成人、小鼠等物種進行lncRNA轉錄組測序分析,

豐富的lncRNA轉錄組與甲基化數據多組學關聯分析經驗

 

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

 

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

RNA

總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; RIN≥7;

細胞、組織樣本

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 

 

數據分析

基于lncRNAmRNA基因結構和基因表達水平分析,

lncRNA進行準確篩選及高效預測靶基因,

lncRNAmRNA的比較分析、共表達網絡構建

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。

 

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

 

案例分析:lncRNA-LeXis作為肝LXR受體應答的因子調節膽固醇代謝

Feedback modulation of cholesterol metabolism by the lipid-responsive non-coding RNA LeXis. Nature. 2016 Jun 2;534(7605):124-8.

X受體(liver X receptors, LXRS)是人體細胞和膽固醇穩態的轉錄調節因子。研究者通過lncRNA高通量測序鑒定了一種lncRNA, LeXis,并發現飲食喂養或者藥物激活LXRS導致肝細胞中LeXis表達顯著上調,而上調或者下調LeXis表達水平,則會影響膽固醇生物合成相關基因表達及肝臟和血漿中膽固醇的水平。進一步研究表明LeXis通過結合調控一種異質性核糖核蛋白Raly調控小鼠肝臟中膽甾醇基因表達。這些研究概述了非編碼RNA在脂質代謝中的調節作用,并促進我們對調控甾醇穩態的機制的認識。

 

鑒定lncRNA-LeXis作為LXR應答的調控因子

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