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Illumina人850K甲基化芯片

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參數
常見問題
應用案例

 

Illumina850K甲基化芯片

 

Illumina甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(簡稱850K甲基化芯片),

在原450K芯片的基礎上,推出了新一代的DNA甲基化芯片;

包含了原450K芯片91%的位點,又增加了413,745個位點(總共853,307CpG位點);

850K芯片全面覆蓋基因啟動子區、基因編碼區、CpG島以及增強子區;

廣泛用于復雜疾病甲基化研究,以及大樣本EWAS研究的。

 

 

 

850K芯片技術參數

針對人基因組,檢測853,307CpG位點,覆蓋CpG島、啟動子、編碼區、開放染色質和增強子;

同時采用Infinium III探針設計,使檢測范圍最大化;

單堿基分辨率,可以直接檢測到發生甲基化的確切位點;

重復性較高,技術重復相關性以及與450K相同探針間的相關性R2 > 0.98

起始模板量低,僅需 250ng;適用于FFPE樣本。

 

 

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

人基因組DNA

總量≥ 2ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

細胞、全血、新鮮冷凍組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 

信息分析

850K芯片

分析內容

標準分析

1.原始數據預處理

2.數據歸一化(甲基化位點總表,含注釋信息)

3QC結果(beta值密度曲線,聚類圖,PCA圖,相關性圖)

4.差異甲基化位點(含注釋信息)

5.差異甲基化位點的染色體分布

6.差異甲基化位點的基因功能注釋與富集

7.差異甲基化位點的熱圖展示

高級分析

8、特定基因組區段的DMR展示

9、甲基化與轉錄的關聯分析

10、其它定制化分析

 

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

 

 

Q1:非人物種是否可以使用850K甲基化芯片?

Infinium MethylationEPIC BeadChip(簡稱850k芯片)是專門針對人基因組設計的,不能用于其他物種,比如大小鼠的甲基化檢測。

 

Q2:850K甲基化芯片具有哪些優勢?

Infinium Methylation 450K或者850K BeadChip, 在早期人基因組甲基化研究中發揮了重要作用,以低廉的價格提供全基因組范圍的覆蓋和高通量的獨特組合,使其成為粗篩大樣本群體的理想選擇(來自徐瑞華主編的《腫瘤學》第五版p73-74)。同時,甲基化芯片檢測簡便快捷,而且可以檢測FFPE樣本;而且相對于金標準的亞硫酸鹽測序特別是WGBS測序,850K甲基化芯片低廉的價格優勢很突出,因此,850K甲基化芯片多用于表觀基因組關聯分析研究(EWAS

 

Q3:850K甲基化芯片具有哪些劣勢?

雖然芯片上的CpG位點多,但多為單個CpG位點,且采用Oligo nucleotide雜交技術,芯片的批次效應(batch effect)有時會較嚴重,信噪比較差(來自徐瑞華主編的《腫瘤學》第五版p73-74)。

因此,850K甲基化芯片的劣勢主要是體現在技術層面:

1、在覆蓋人全基因組范圍的CpG位點數上,850K芯片檢測人基因組56M總CpG位點的1.5%左右;覆蓋人基因組比例遠不及RRBS及WGBS的覆蓋比例;

2、在檢測甲基化準確性上,850K芯片< WGBS < RRBS.

另外,但隨著金標準的亞硫酸鹽測序WGBS和RRBS測序成本下降,850K芯片的低成本優勢越來越不顯著。

 

Q4:850KWGBSRRBS3種單堿基甲基化檢測技術指標比較

 

 

Q5:850KWGBSRRBS在不同甲基化研究課題中的推薦指數

針對不同的甲基化研究課題需求,選擇合適的技術方案!同時考慮技術的先進性、成本及研究的主要目的,對大型隊列研究、臨床樣本(庫)及細胞系模型等研究方向,不同的推薦,如下圖所示:

 

 

 

 

案例分析:外周血DNA甲基化揭示阿爾茨海默病新的生物標志物

Harnessing peripheral DNA methylation differences in the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) to reveal novel biomarkers of disease. Clin Epigenetics. 2020 Jun 15;12(1):84.

1、研究方案:本課題通過Infinium MethylationEPIC BeadChip甲基化芯片技術檢測了653個個體的外周血樣本的DNA甲基化信息。通過EWAS進行關聯分析。

2、研究結果:EWAS分析出的最顯著的差異甲基化位點與MMSE (Mini Mental State Examination) 得分相關。差異甲基化位點在腦和神經退行性相關基因(例如BDNF、BIN1、APOC1)附近富集。與健康對照組相比,年齡匹配的AD患者的外周差異甲基化可能成為疾病新的生物標志物。

Fig1、Distribution of cross-diagnosis differential DNA methylation marks across the genome