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5hmC化學捕獲測序(5hmC Seal)

項目介紹
參數
常見問題
應用案例

 

5hmC-Seal,超高靈敏度的羥甲基化檢測

 

羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在最近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測序對DNA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;

廣泛用于: 1) 發育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。

 

 

 

核心技術及質控,用心服務每一個項目

專注表觀組學10年,提供專業有價值的羥甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊之一, 國內首家推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建核心技術;

自動化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文。

 

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細胞、全血、動物組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 

數據分析

Seal-seq

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與參考基因組比對

測序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

8、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

9、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘


 

 

 

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

 

案例分析1:基于血漿游離DNA的5-羥甲基胞嘧啶檢測用于肝癌早期診斷

Genome-wide mapping of 5-hydroxymethylcytosines in circulating cell-free DNA as a non-invasive approach for early detection of hepatocellular carcinoma. Gut. 2019 Jul 29.

研究方案:本文研究者應用5hmc-seal技術,對2554個中國人cfDNA樣本進行了全基因組5hmC檢測, 包含1204個肝癌及392個慢性乙肝炎病毒感染或肝硬化患者和958個健康人。

研究結果:通過病例對照分析,建立了早期肝癌的診斷模型。基于巴塞羅那臨床肝癌分期系統,建立了一個32基因診斷模型,能準確地區分早期肝癌(0/a期)和非肝癌,同時很好的區分早期肝癌和有CHB或IC病史的高危患者(AUC=84.6%, 95%?CI 85.8% to 91.1%);此外,5hmC診斷模型似乎與潛在的混雜因素, 如吸煙/飲酒史無關。因此,這種方法在早期發現肝癌方面具有臨床應用潛力。

 

案例分析2:胰腺癌羥羥甲基化改變并調控癌癥基因通路

Altered hydroxymethylation is seen at regulatory regions in pancreatic cancer and regulates oncogenic pathways. Cell Research. 2017;27(11):1830-1842.

研究方案:5-羥甲基胞嘧啶(5-hmC)是一種表觀遺傳修飾,在胰腺癌中尚未被研究。在一組低代胰腺癌細胞系、原發性患者來源的異種移植細胞和胰腺對照組組織中用5hmC-seal技術進行5hmC全基因組測序分析;

研究結果:

1、差異羥甲基化區域優先影響已知的基因組調控區域,特別是與已知的H3K4me1增強子重疊。

2、此外,通過氧化亞硫酸氫鹽測序對胞嘧啶甲基化和羥甲基化進行單堿基分辨率分析,并通過ATAC-seq檢測染色質可及性以及通過RNA-seq檢測基因表達,研究發生5hmC在染色質開放區域特異性富集,與胰腺腫瘤相關的致癌途徑,如MYC、KRAS、VEGFA和BRD4有關;

3、在大多數腫瘤樣本中,BRD4在增強子區域過度表達并獲得5hmC修飾;

4、在功能上,BRD4啟動子5hmC水平上升與其轉錄表達水平增加有關;

5、而阻斷BRD4抑制體內胰腺癌生長。綜上所述,5hmC的重新分布和癌基因增強子的優先富集是胰腺癌的一種新的調控機制。

 

 

 

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