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目標區域甲基化測序 (Targeted Bisulfite Sequencing)

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應用案例

 

目標區域甲基化測序(Targeted Bisulfite Sequencing)

 

除了全基因組甲基化測序技術等研究手段,對于目標基因/CpG位點甲基化檢測,需要靈活的靶向甲基化測序方案,

基于亞硫酸鹽多重PCR捕獲核心技術和NGS高深度測序的目標區域甲基化測序Targeted Bisulfite Sequencing,

滿足幾個到上百個基因/CpG位點的檢測, 具有高準確性、高通量、低成本、快周期的優勢,

廣泛用于臨床樣本多位點的甲基化Biomarker篩選、驗證及臨床轉化應用。

 

技術優勢

基于亞硫酸鹽多重PCR擴增捕獲測序;

高效靈活的目標區域甲基化檢測方案;

NGS高深度測序,單堿基分辨率,絕對定量的;

適合幾個到幾百個區域/CpG位點同時檢測;

適合廣泛的樣本類型:血液、組織、病理切片、灌洗液、糞便等;

低成本、快周期的,超高性價比優勢;

 

核心技術,用心服務每一個項目

艾斯基因專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

最早開發TBS技術團隊之一, 國內首家推出靶向甲基化TBS定制化服務;

已經完成血液、組織、病理切片、糞便等多種類型,10000+例樣本TBS項目經驗;

核心團隊在Genome biologyDNA Res等雜志發表多篇SCI論文;

專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

 

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

 

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 200ng; 濃度≥ 10ng/ul; 基于Qubit定量

細胞、血液、新鮮冷凍組織等

按照送樣要求準備

備注用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 
 

數據分析

TBS

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與目標區域序列比對

統計覆蓋度分析

3、CpG位點甲基化水平統計

評估胞嘧啶甲基化狀態

4、不同樣本間甲基化水平比較

統計甲基化差異

高級分析

5、臨床病理信息分析

甲基化與臨床信息關聯分析

 

 

 

 

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案例分析1DNA甲基化異常用于甲狀腺結節診斷

Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551.

本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化,發現癌旁、良性結節和癌組織之間存在顯著差異,并在65個甲狀腺結節的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和癌癥相關基因密切相關,表明DNA甲基化為甲狀腺結節提供準確的診斷。并開發及驗證了基于靶向甲基化測序TBS (Target Bisulfite Sequencing) 用于甲基化多位點甲狀腺結節診斷的轉化應用方案的重要價值。

 

案例分析2:血清游離DNA甲基化biomarker用于乳腺癌轉移早期篩查

Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115.

本課題通過RRBS檢測了31個樣本,其中癌組織(n=8)和白細胞(n=23)的DNA甲基化,篩選出18個癌癥特異的DMR, 進一步通過TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在兩個樣本庫(>1000例)的血漿cfDNA中驗證,找到血清EFC#93用于早期識別彌散性乳腺癌的biomarker.

 

案例分析3:循環腫瘤DNA甲基化biomarker用于肝癌診斷和預后

Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater. 2017;16(11):1155-1161.

本課題通過TCGA數據庫篩選401個甲基化Biomarker, 在1933例血漿中進行基于靶向亞硫酸鹽測序(Targeted Bisulfite Sequncing, TBS) ,通過與臨床樣本信息進行關聯分析,最終篩選了10個HCC診斷和8個HCC預后預測的甲基化Biomarker.

 

案例分析4:乳腺癌中48個基因甲基化普研究

Methylation pro?ling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015;149(3):767-79.

PubMed文獻檢索與癌癥相關的48個基因,180例乳腺癌患者配對的癌和癌旁組織樣本庫中,通過TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 檢測這48個基因的啟動子甲基化,尋找有價值的甲基化標記物;結果聚類分析篩選出13個基因(CST6、DBC1、EGFR、GREM1、GSTP1、IGFBP3、PDGFRB、PPM1E、SFRP1、SFRP2、Sox17、TNFRSF10D和WRN)為候選生物標志物,構建乳腺癌高效率的癌癥預測模型。

 

案例分析5:靶向亞硫酸鹽測序發現食管鱗癌甲基化biomarker

Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC).Clin Epigenetics. 2017. 15;9:129

基于TCGA數據庫(450K芯片)等數據,第一步篩選了5個潛在甲基化biomarker,第二步通過TBS (Target Bisulfite sequencing) 在94對ESCC樣本中驗證和評估,由5個CpG位點Panel的診斷模型具有很好的指標(sensitivity=0.75, specificity=0.88, AUC=0.85)

 

 

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