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甲基化DNA免疫沉淀測序 (MeDIP-seq)

項目介紹
參數
常見問題
應用案例

 

甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP-seq)

 

甲基化DNA免疫沉淀測序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq),

采用甲基化DNA免疫共沉淀技術,通過5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗體特異性富集基因組上發生甲基化的DNA片段測序,

可以在全基因組水平上進行高精度的CpG密集的高甲基化區域研究,

是分析基因組DNA甲基化變化的一種準確可靠的技術。

 

用心服務每一個項目

艾斯團隊專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

最早開發MeDIP-seq技術團隊之一, 嚴格的內參質控;

已經完成人、小鼠、大鼠、豬等多個物種MeDIP-seq項目經驗;

核心團隊在Nature communications, Genome biology等雜志發表多篇SCI論文;

專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

 

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

 

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

細胞、全血、動植物組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 
 

數據分析

MeDIP

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與參考基因組比對

測序Reads 在基因組上的分布

3、Peak峰Calling

甲基化DNA富集區域鑒定

4、Peak圖譜分析

Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異Peak分析

尋找DMR及注釋

7、差異Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

8、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

9、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘

 

 

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

 

 

案例分析:同卵雙胞胎2型糖尿病易感基因的表觀基因組關聯分析(團隊成員發表)

An integrated epigenomic analysis for type 2 diabetes susceptibility loci in monozygotic twins. Nature communications. 2014; 5: 5719.

一、研究背景

2型糖尿病(T2D)是一種高度異質性疾病,通過遺傳易感性和環境的結合引起。全基因組關聯研究(GWAS)已經鑒定出至少65個T2D位點,但這僅解釋了T2D疾病易感性的6%。T2D的變異也可能部分通過表觀遺傳效應來解釋,比如DNA甲基化。

二、方法流程

取材:27對同卵雙胞胎的全血:T2D-discordant (n=17), T2D-concordant (n=3), 對照組non-T2D group (n=7)

測序:甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP-Seq)

驗證:450K芯片:差異甲基化基因

三、研究結果

1、在這項研究中,對27對同卵雙胞胎的全血DNA進行了MeDIP-Seq,發現了大量的與2型糖尿病相關基因的差異甲基化區域(DMR),并在隨后的另外一批大量樣本(42個T2D和221正常對照)的研究中得到了進一步的驗證;

2、其中MALT1基因啟動子區的甲基化變化,與血液中牛磺膽酸水平的變化直接相關,并涉及到胰島素和血糖代謝相關的信號通路;

3、DNA甲基化組與T2D相關臨床數據的分析結果表明了差異DNA甲基化區域在T2D易感性基因上的相對富集。

四、研究結論

總之,綜合基因組學和表觀基因組學的方法,加上同卵雙胎的病理模型,我們很好地解釋T2D等其他復雜性狀疾病的致病原因,并發現潛在的藥物靶標和生物標記物。

 

 

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